El 3 de julio de 2006, sobre las 13'00 (hora local española), se produjo el descarrilamiento de un convoy de la línea 1 del metro de Valencia entre las estaciones de Plaza de España y Jesús, en el barrio de Patraix, en pleno centro urbano. La salida de vía tuvo lugar poco antes de llegar a la estación de Jesús, al tomar una curva cerrada a la derecha. A consecuencia del siniestro, la unidad, formada por cuatro vagones y transportando 120 pasajeros en el momento del accidente, sufrió el descarrilamiento y posterior vuelvo del primer vagón y el luego del segundo, pereciendo en la catástrofe 43 personas y resultando heridas otras 45. Entre los fallecidos se encuentra también el conductor del metro.

Los dos últimos vagones no llegaron a descarrilar y se mantuvieron en pie, aunque frenaron bruscamente al impactar con los dos vagones precedentes. Por ello, el mayor número de víctimas mortales y los heridos más graves ocupaban la mitad delantera del metro, mientras que los heridos más leves y los ilesos pudieron salir partiendo las ventanillas de los vagones traseros. Los supervivientes que pudieron salir del tren emprendieron entonces instintivamente la huida hacia atrás, evitando atravesar la zona delantera, donde se había producido el mayor daño, a pesar de encontrarse más cerca de los andenes de Jesús.

Una vez registrado el accidente, otras 150 personas que esperaban al metro en la estación de Jesús tuvieron que ser desalojadas de los andenes para que pudieran actuar los servicios de emergencia. Los accesos a la boca del metro quedaron cortados por la policía y se establecieron dos hospitales de campaña en las proximidades. El servicio del SAMU dispuso rápidamente de un equipo de "triage" (sistema de tarjetas de colores para clasificar a los heridos según su gravedad) y una noria de ambulancias de distintas características (traslado, unidades de críticos, soporte vital básico, etc.), mientras que los bomberos procedían al rescate de los heridos y a montar equipos de iluminación. La Cruz Roja Española, así como la Generalitat de Valencia, desplazaron hasta el lugar equipos de psicólogos procedentes de distintos puntos de España para prestar apoyo profesional y especializado a los familiares de las víctimas.

Según contaba uno de los miembros del parque de bomberos de Valencia, Ignacio Iturriaga, quien ha participado en varias catástrofes internacionales, apenas se tuvieron que realizar trabajos de descarcelación de cadáveres o personas atrapadas. Al parecer, tras volcar el primer vagón, los pasajeros fueron impulsados hacia las ventanas inferiores y expulsados hacia el exterior, siendo arrollados por los restos del metro durante unos 40 metros de frenada. De ahí los numerosos casos de amputaciones traumáticas, quemaduras y heridas incisas. Al llegar los efectivos al lugar del accidente, los cuerpos estaban prácticamente diseminados en las inmediaciones del convoy, según este testigo.

Los forenses habían practicado en el Instituto de Medicina Legal hasta las 23'30 horas del día del siniestro la identificación plena de 20 a 25 cadáveres. La identificación de los fallecidos ofreció especial complejidad habida cuenta la brutalidad del impacto y las mutilaciones provocadas por el amasijo de hierros en que se conviertieron los dos primeros vagones del metro.

De los 43 fallecidos, la mayoría eran mujeres y casi una decena eran de otras nacionalidades, la mayoría sudamericanos. Como en otras catástrofes anteriores, los féretros fueron trasladados a un pabellón deportivo, en este caso el polideportivo Parque Central, donde el jueves día 5 se oficiará el funeral por las víctimas.