El 26 de mayo de 2006, a las 22:54 GMT, se registró un terremoto de 6,4º Mw a 29 km al SW de Yogyakarta, en la isla de Java, la más grande de Indonesia, en las coordenadas 8,04º S 110,39º E. Esta localidad, de 636.660 habitantes, ha sido junto a Bantul una de las más castigadas por un sismo que ha sido seguido por más de 400 réplicas en menos de 72 horas, dos de las cuales han sido casi tan importantes como el evento principal, de 6,2º y 6,7º, pero más alejadas de los centros de población. La primera de estas dos grandes réplicas se produjo a las 03:12 GMT a 605 km al norte de Port Moresby, capital de Papúa Nueva Guinea, y el otro a 145 kms de Nakualofa.

Bélgica aprobó una ayuda de urgencia de 500.000 € para las víctimas de la catástrofe, gestionada por la Cruz Roja. Esta organización cursó una solicitud de ayuda internacional para intentar cubrir los 7,68 millones de euros en los que se evaluaron las necesidades más inmediatas de atención a la población afectada. La ONU, por su parte, también cursó una petición internacional para recaudar unos 103 mill$ para la adquisición de material de albergue, agua potable, asistencia sanitaria y medicamentos. China contribuyó con la aportación de 2 mill$, además de enviar equipos de rescate y materiales para prestar asistencia sanitaria, una de las prioridades de la población. Nueva Zelanda aportó 300.000 dólares, Estados Unidos 2,5 mill$, el emir de Kuwait 4 mill$, Cáritas Española 300.000 €, Canadá 1,8 mill$ y la Unión Europea unos 3 mill$. Singapur y Japón pusieron en marcha 5 equipos médicos, mientras que en España la Asociación Española de Cooperación Internacional (AECI) enviaba desde la base aérea de Torrejón de Ardoz un avión Antonov con 12 toneladas de ayuda humanitaria, conteniendo tiendas de campaña, mantas y medicinas. La FAO destinó 5,6 mill$ para los campesinos indonesios y el Programa Mundial de Alimentos 30 toneladas de galletas enriquecidas para alimentar hasta 20.000 personas, mientras que la UNESCO anunciaba el envío de ayuda para restaurar los templos hinduistas de Prambanan, de la ciudad de Yogyakarta, y el templo budista de Borobudur. Toda esta ayuda humanitaria se repartió básicamente entre los subdistritos de Bantul, Pundong, Jetis, Pajangan y Bambang Lipro.

A 23 de junio de 2006, la Oficina para la Coordinación de Asuntos Humanitarios de la ONU (OCHA) calculaba que el terremoto había dejado detrás unos 310.245 habitantes sin hogar, 38.568 heridos y 5.749 fallecidos. Cruz Roja Internacional levantó hasta seis hospitales de campaña y unas 1.000 tiendas para dar cobijo a los desplazados. Los daños materiales también resultaron muy cuantiosos: 127.037 viviendas quedaron completamente destruidas y otras 451.011 parcialmente dañadas. También sufrieron daños diversos unas 500 escuelas primarias. Ente el 70% y el 80% de los edificios de Bantul sucumbieron al temblor.

La ONG Save de Children estimaba que unos 40.000 niños se habían visto directamente afectados por la catástrofe.

Yogyakarta es un importante destino turístico, por los famosos templos budistas de Borobudur y las vistas del volcán Merapi. Precisamente este volcán experimentó un preocupante aumento de su actividad a raíz del movimiento telúrico, lo que dio a entender a los vulcanólogos indonesios que el Merapi podría entrar en erupción en los días siguientes. No obstante, otros especialistas no relacionan tan directamente ambos fenómenos naturales aun cuando afirman que el terremoto ha podido contribuir a la mayor emanación de grandes nubes de ceniza desde su cráter.